Idag lanserar det svenska miljardprojektet Human Protein Atlas, HPA, med före detta Scilifelab-direktören Mathias Uhlén i spetsen, den fjortonde versionen av sin karta över kroppens proteiner. Där har proteiner i samtliga större organ och vävnader i människan lokaliserats med hjälp av antikroppar och hösten 2014 lanserades den första ”fullständiga” versionen av proteinatlasen över människokroppen. Sedan dess har mer data lagts till och i databasen, som finns fritt tillgänglig på projektets hemsida, finns nu information om drygt 25 000 antikroppar som täcker cirka 86 procent av människans gener.
Version 14 av proteinatlasen innehåller två nyheter: en validering av de antikroppar som har använts och en uppdatering av databasens karta över proteinuttrycket i mushjärnan.
Forskarna har validerat de antikroppar som används i HPA-projektet genom att utvärdera deras effekt vid olika omständigheter samt genom att bland annat jämföra deras resultat med RNA-sekvensering. Syftet var att ta fram mer information om antikropparnas tillförlitlighet och därmed säkerställa att resultaten har analyserats på rätt sätt i proteinatlasen. Informationen sammanfattas i databasen och finns hittills tillgänglig för nästan 7 500 gener.
Den nya, uppdaterade atlasen över mushjärnan täcker fler hjärnregioner och innehåller mer information än tidigare om distributionen av proteiner i mushjärnan, både på cellnivå och subcellulärt.
– Vi tror att denna information är ett värdefullt komplement till vår mänskliga proteinatlas och andra internationella projekt där hjärnans byggstenar kartläggs, exempelvis Allen Brain Atlas och Gensat-projektet. Atlasen är interaktiv och ger en möjlighet att zooma in på enskilda celler i specifika hjärnregioner, säger doktor Jan Mulder, ledare för arbetet med Mouse Brain Atlas, i ett pressmeddelande.
HPA-projektet finansieras genom anslag från Knut and Alice Wallenbergs Stiftelse. Arbetet bakom det bedrivs främst vid Albanova, Scilifelab, KTH och på Rudbecklaboratoriet vid Uppsala universitet.
